Badania naukowe to fundament ochrony przyrody - bez nich nie wiemy, jak i co chronić. Park narodowy jest doskonałym miejscem prowadzenia badań ekologicznych. Z drugiej strony, nie należy jednak traktować go jak poligon doświadczalny, gdzie testować się będzie eksperymentalne hipotezy ingerując w populacje roślin i zwierząt, które w niektórych przypadkach są skrajnie ginące. Prowadzone są dlatego zgodnie z zasadami eksploracji naukowej i koordynacji badań naukowych. Badania terenowe prowadzą pracownicy różnych instytucji naukowych, ale również i pracownicy Parku. Niektóre tematy badawcze podejmowane są wspólnie. Niekiedy udział w badaniach biorą też wolontariusze i studenci.
Zgodę na badania naukowe w Parku (jest to zarazem zgoda na wjazd i poruszanie się po Parku), na podstawie wypełnionej Karty badań naukowych wydaje dyrektor, który może zasięgnąć opinii Rady Naukowej - doradczego organu dyrektora, który opiniuje plany badań oraz projekty badań naukowych.
Zgoda na badania naukowe jest wymagana również w przypdku posiadania decyzji zezwalającej ministra właściwego do spraw środowiska na odstępstwa od zakazów wymienionych w art. 15 ust 1 ustawy o ochronie przyrody z 16 kwietnia 2004 r. (Dz.U. Nr 92, poz. 880 z późniejszymi zmianami).