Główne kierunki ochrony przyrody Poleskiego Parku Narodowego to:

- odtwarzanie i ochrona specyfiki stosunków wodnych

- ochrona i renaturalizacja ekosystemów wodno-torfowiskowych

- ochrona i restytucja gatunków ginących i zagrożonych.

O atrakcyjności przyrodniczej i krajobrazowej Parku decydują przede wszystkim stosunki wodne. Ten z pozoru obszar nadmiarów wody w rzeczywistości cechuje się wysokimi deficytami wody. Występujące na tym terenie okresowe nadmiary bądź braki wody skłoniły użytkowników do podejmowania licznych prób regulowania stosunków wodnych, czego efektem stało się znaczne przyśpieszenie naturalnego, powolnego tempa obiegu wód. Radykalne zmiany przyniosły szczególnie prace melioracyjne wykonane w latach 60-tych XX wieku, mające głównie charakter odwodnieniowy. Obecnie konieczne jest prowadzenie działań o charaktarze renaturalizacyjnym w celu spowolnienia tempa odpływu wód z terenu Parku i przywrócenia naturalnej retencji.

Jednocześnie z osuszaniem obszarów podmokłych rozpoczęła się niekorzystna dla bogactwa przyrodniczego sukcesja roślinności drzewiastej i krzewiastej - torfowiska zaczęły zarastać i przekształcać się w mniej cenne zbiorowiska leśne i zaroślowe. Od drugiej połowy lat 90-tych XX w. w Parku prowadzona jest czynna ochrona torfowisk polegająca na ograniczaniu rozwoju roślinności drzewiastej poprzez jej usuwanie.